新しく生成した秘密鍵を使ってPHPStormでSFTP接続しようとしたところ
「*** is corrupt or has uknown format.」みたいなエラーが出て利用出来ませんでした。

色々調べたところ、どうもOpenSSHのバージョンが7.8以降と新しいと「ssh-keygen」で生成されるキーのデフォルトがPEM形式ではなくOPENSSH形式になってるようで、それで利用できなくなったっぽいです。

■JetBrains製品でSSH接続時に秘密鍵が利用できない場合の一時対処法
https://qiita.com/anon5r/items/36d1c1f953b0fafb91aa

今後のバージョンアップで対応されるらしいですが、とりあえず対応したい場合は上記Qiita参照。